水污染防治法修正條文對照表

修正條文	現行條文	說明
第二條 本法專用名詞定義如下： 一、水：指以任何形式存在之地面水及地下水。 二、地面水體：指存在於河川、海洋、湖潭、水庫、池塘、灌溉渠道、各級排水路或其他體系內全部或部分之水。 三、地下水體：指存在於地下水層之水。 四、污染物：指任何能導致水污染之物質、生物或能量。 五、水污染：指水因物質、生物或能量之介入，而變更品質，致影響其正常用途或危害國民健康及生活環境。 六、生活環境：指與人之生活有密切關係之財產、動、植物及其生育環境。 七、事業：指公司、工廠、礦場、廢水代處理業、畜牧業或其他經中央主管機關指定之事業。 八、廢水：指事業於製造、操作、自然資源開發過程中或作業環境所產生含有污染物之水。 九、污水：指事業以外所產生含有污染物之水。 十、廢（污）水處理設施：指廢（污）水為符合本法管制標準，而以物理、化學或生物方法處理之設施。 十一、水污染防治措施：指設置廢（污）水處理設施、納入污水下水道系統、土壤處理、委託廢水代處理業處理、設置管線排放於海洋、海洋投棄或其他經中央主管機關許可之防治水污染之方法。 十二、污水下水道系統：指公共下水道及專用下水道之廢（污）水收集、抽送、傳運、處理及最後處置之各種設施。 十三、放流口：指廢（污）水進入承受水體前，依法設置之固定放流設施。 十四、放流水：指進入承受水體前之廢（污）水。 十五、涵容能力：指在不妨害水體正常用途情況下，水體所能涵容污染物之量。 十六、水區：指經主管機關劃定範圍內之全部或部分水體。 十七、水質標準：指由主管機關對水體之品質，依其最佳用途而規定之量度。 十八、放流水標準：指對放流水品質或其成分之規定限度。	第二條 本法專用名詞定義如下： 一、水：指以任何形式存在之地面水及地下水。 二、地面水體：指存在於河川、海洋、湖潭、水庫、池塘、灌溉渠道、各級排水路或其他體系內全部或部分之水。 三、地下水體：指存在於地下水層之水。 四、污染物：指任何能導致水污染之物質、生物或能量。 五、水污染：指水因物質、生物或能量之介入，而變更品質，致影響其正常用途或危害國民健康及生活環境。 六、生活環境：指與人之生活有密切關係之財產、動、植物及其生育環境。 七、事業：指工廠、礦場、廢水代處理業、畜牧業或其他經中央主管機關指定之事業。 八、廢水：指事業於製造、操作、自然資源開發過程中或作業環境所產生含有污染物之水。 九、污水：指事業以外所產生含有污染物之水。 十、廢（污）水處理設施：指廢（污）水為符合本法管制標準，而以物理、化學或生物方法處理之設施。 十一、水污染防治措施：指設置廢（污）水處理設施、納入污水下水道系統、土壤處理、委託廢水代處理業處理、設置管線排放於海洋、海洋投棄或其他經中央主管機關許可之防治水污染之方法。 十二、污水下水道系統：指公共下水道及專用下水道之廢（污）水收集、抽送、傳運、處理及最後處置之各種設施。 十三、放流口：指廢（污）水進入承受水體前，依法設置之固定放流設施。 十四、放流水：指進入承受水體前之廢（污）水。 十五、涵容能力：指在不妨害水體正常用途情況下，水體所能涵容污染物之量。 十六、水區：指經主管機關劃定範圍內之全部或部分水體。 十七、水質標準：指由主管機關對水體之品質，依其最佳用途而規定之量度。 十八、放流水標準：指對放流水品質或其成分之規定限度。	本法對於事業之管理及處分主體已包含公司，惟考量公司負責人得指派非本人以外之第三人為工廠負責人，實務上造成處分及管理認定爭議，爰於第一項第七款增訂「公司」，以明確規範。
第十條 各級主管機關應設水質監測站，定期監測及公告檢驗結果，並採取適當之措施。 前項水質監測站採樣頻率，應視污染物項目特性每月或每季一次為原則，必要時，應增加頻率。 水質監測採樣之地點、項目及頻率，應考量水域環境地理特性、水體水質特性及現況，並由各級主管機關依歷年水質監測結果及水污染整治需要定期檢討。第一項監測站之設置及監測準則，由中央主管機關定之。 各級主管機關得委託有關機關（構）及中央主管機關許可之檢驗測定機構辦理第一項水質監測。 第一項公告之檢驗結果未符合水體分類水質標準時，各目的事業主管機關應定期監測水體中食用植物、魚、蝦、貝類及底泥中重金屬、毒性化學物質及農藥含量，如有致危害人體健康、農漁業生產之虞時，並應採取禁止採捕食用水產動、植物之措施。	第十條 各級主管機關應設水質監測站，採樣檢驗，定期公告檢驗結果，並採取適當之措施。 前項水質監測工作，得委託水利事業或有關機關辦理。	一、主管機關依第一項採取適當之措施，應包括預警、防治措施及限制作為。另文字酌修。 二、為提升監測品質，爰增列第二項及第三項規定，明定水質監測之地點、項目及頻率，應考量水域環境地理特性、水體水質特性及現況，並定期檢討。另為提升執法可行性，由中央主管機關另訂定監測站之設置及監測準則，規範細部作業內容。 三、第三項水質監測採樣點，應包括水庫或河川供應自來水之取水口，河川、區域排水系統、海域交界處或一定規模以上事業之排放口。河川、區域排水系統及海域交接處之監測，應考量水域環境地理特性，於有水質代表性地點為之。 四、現行第二項遞移為第四項。考量目前水質監測工作大多委託檢驗測定機構辦理，爰予以明列。 五、增列第五項，明定目的事業主管機關於監測結果未符合水體分類水質標準時，應定期監測水體中食用植物、水中生物、底泥中重金屬等物質含量；危害人體健康、農漁業生產之虞時，應採取限制作為。
第十一條 中央主管機關對於排放廢（污）水於地面水體之事業、污水下水道系統及家戶，應依其排放之水質水量或依中央主管機關規定之計算方式核定其排放之水質水量，徵收水污染防治費。 前項水污染防治費應專供全國水污染防治之用，其支用項目如下： 一、地面水體污染整治與水質監測。 二、飲用水水源水質保護區水質改善。 三、水污染總量管制區水質改善。 四、公共污水下水道系統主、次要幹管之建設。 五、污水處理廠及廢（污）水截流設施之建設。 六、水肥投入站及水肥處理廠之建設。 七、廢（污）水處理設施產生之污泥集中處理設施之建設。 八、水污染防治技術之研究發展、引進及策略之研發。 九、執行收費工作相關之必要支出及所需人員之聘僱。 十、其他有關水污染防治工作。 第二項第九款之支用比例不得高於百分之十。 第一項水污染防治費得分階段徵收，各階段之徵收時間、徵收對象、徵收方式、計算方式、繳費流程、繳費期限、階段用途及其他應遵行事項之收費辦法，由中央主管機關定之。水污染防治執行績效應逐年重新檢討並向立法院報告及備查。 第一項水污染防治費，其中央與地方分配原則，由中央主管機關考量各直轄市、縣（市）主管機關水污染防治工作需求定之。 第一項水污染防治費，各級主管機關應設置特種基金；其收支、保管及運用辦法，由行政院、直轄市及縣（市）政府分別定之。 中央主管機關應成立水污染防治費費率審議委員會，其設置辦法由中央主管機關定之。	第十一條 中央主管機關對於排放廢（污）水於地面水體之事業、污水下水道系統及家戶，應依其排放之水質水量或依中央主管機關規定之計算方式核定其排放之水質水量，徵收水污染防治費。 前項水污染防治費應專供全國水污染防治之用，其支用項目如下： 一、地面水體污染整治。 二、飲用水水源水質保護區水質改善。 三、水污染總量管制區水質改善。 四、公共污水下水道系統主、次要幹管之建設。 五、污水處理廠及廢（污）水截流設施之建設。 六、水肥投入站及水肥處理廠之建設。 七、廢（污）水處理設施產生之污泥集中處理設施之建設。 八、水污染防治技術之研究發展、引進及策略之研發。 九、執行收費工作相關之必要支出及所需人員之聘僱。 十、其他有關水污染防治工作。 第二項第九款之支用比例不得高於百分之十。 第一項水污染防治費得分階段徵收，各階段之徵收時間、徵收對象、徵收方式、計算方式、繳費流程、繳費期限、階段用途及其他應遵行事項之收費辦法，由中央主管機關定之。水污染防治執行績效應逐年重新檢討並向立法院報告及備查。 第一項水污染防治費，其中央與地方分配原則，由中央主管機關考量各直轄市、縣（市）主管機關水污染防治工作需求定之。 第一項水污染防治費，各級主管機關應設置特種基金；其收支、保管及運用辦法，由行政院、直轄市及縣（市）政府分別定之。 中央主管機關應成立水污染防治費費率審議委員會，其設置辦法由中央主管機關定之。	水質監測為水體污染整治之重要評析項目，為明確水污染防治費支用用途，爰於第二項第一款增列水質監測項目。
第十四條 事業排放廢（污）水於地面水體者，應向直轄市、縣（市）主管機關申請核發排放許可證或簡易排放許可文件後，並依登記事項運作，始得排放廢（污）水。登記事項有變更者，應於變更前向直轄市、縣（市）主管機關提出申請，經審查核准始可變更。 前項登記事項未涉及廢（污）水、污泥之產生、收集、處理或排放之變更，並經中央主管機關指定者，得於規定期限辦理變更。 排放許可證與簡易排放許可文件之適用對象、申請、審查程序、核發、廢止及其他應遵行事項之管理辦法，由中央主管機關定之。	第十四條 事業排放廢（污）水於地面水體者，應向直轄市、縣（市）主管機關或中央主管機關委託之機關申請，經審查登記，發給排放許可證或簡易排放許可文件後，始得排放廢（污）水。 前項登記事項有變更時，非於中央主管機關所定期限內辦理變更登記，其排放廢（污）水，不得與原登記事項牴觸。 排放許可證與簡易排放許可文件之適用對象、申請文件、應辦理時間、變更程序及其他應遵行事項，由中央主管機關定之。	一、考量排放地面水體之許可內容須就水體水質之目標、污染、整治等特性予以審查，故審查核發之權限應由直轄市、縣（市）主管機關為之，爰刪除第一項「或中央主管機關委託之機關」文字。 二、為明確依登記事項運作及事前、事後變更核准之依據，爰於第一項後段及第二項增列規定。 三、明確規範授權中央主管機關訂定申請、審核程序及其他應遵行事項之管理辦法，爰修正第三項規定之文字。
第十四條之一 經中央主管機關指定公告之事業，於申請、變更水污染防治措施計畫、排放許可證或簡易排放許可文件時，應揭露其排放之廢（污）水可能含有之污染物及其濃度與排放量。 事業排放之廢（污）水含有放流水標準管制以外之污染物項目，並經直轄市、縣（市）主管機關認定有危害生態或人體健康之虞者，應依中央主管機關之規定提出風險評估與管理報告，說明其廢（污）水對生態與健康之風險，以及可採取之風險管理措施。 前項報告經審查同意者，直轄市、縣（市）主管機關應依審查結果核定其水污染防治措施計畫、排放許可證、簡易排放許可文件之污染物項目排放濃度或總量限值。 第二項污染物項目經各級主管機關評估有必要者，應於放流水標準新增管制項目。	一、本條新增。 二、為掌握特定事業排放廢（污）水之污染特性，爰於第一項明定經中央主管機關指定公告之事業於申請、變更水污染防治措施計畫、排放許可證或簡易排放許可文件時，應揭露廢（污）水可能含有之污染物及其濃度與排放量。 三、為預防及強化放流水標準未管制項目之風險管理，爰於第二項規定事業經直轄市、縣（市）主管機關認定有危害生態或人體健康之虞者，應提出風險評估與管理報告。 四、為落實主管機關許可管理，爰於第三項規定直轄市、縣（市）主管機關應依審查結果核定污染物項目排放濃度或總量限值，該審查結果應包含風險及管理措施可行性，未經審查核定者，不得排放第二項認定之污染物項目。 五、為強化主管機關之作為，爰於第四項規範各級主管機關應就放流水未管制之污染物項目，評估是否增訂管制項目。
第十五條 排放許可證及簡易排放許可文件之有效期間為五年。期滿仍繼續使用者，應自期滿六個月前起算五個月之期間內，向直轄市、縣（市）主管機關申請核准展延。每次展延，不得超過五年。 前項許可證及簡易排放許可文件有效期間內，因水質惡化有危害生態或人體健康之虞時，直轄市、縣（市）主管機關認為登記事項不足以維護水體，或不廢止對公益將有危害者，應變更許可事項或廢止之。	第十五條 排放許可證及簡易排放許可文件之有效期間為五年。期滿仍繼續使用者，應自期滿六個月前起算五個月之期間內，向直轄市、縣（市）主管機關或中央主管機關委託之機關申請核准展延。每次展延，不得超過五年。 前項許可證及簡易排放許可文件有效期間內，因水質惡化有危害生態或人體健康之虞時，直轄市、縣（市）主管機關得變更許可事項或廢止之。	一、配合第十四條第一項排放許可證（文件）審查核發權限回歸直轄市、縣（市）主管機關，爰刪除第一項「或中央主管機關委託之機關」文字。 二、為明確主管機關應變更許可事項或廢止之行政作為，爰於第二項增訂「不足以維護水體或不廢止對公益將有危害者」之要件。
第十八條之一 事業或污水下水道系統產生之廢（污）水，應經核准登記之收集、處理單元、流程，並由核准登記之放流口排放，或依下水道管理機關（構）核准之排放口排入污水下水道，不得繞流排放。 前項廢（污）水須經處理始能符合本法所定管制標準者，不得於排放（入）前，與無需處理即能符合標準之水混合稀釋。 前二項繞流排放、稀釋行為，因情況急迫，為搶救人員或經主管機關認定之重大處理設施，並於三小時內通知直轄市、縣（市）主管機關者，不在此限。 事業或污水下水道系統設置之廢（污）水（前）處理設施應具備足夠之功能與設備，並維持正常操作。	一、本條新增。 二、為強化不得繞流排放、不得稀釋廢水，及應正常操作廢（污）水（前）處理設施之管理，將水污染防治措施及檢測申報管理辦法（以下簡稱管理辦法）第五十二條不得繞流排放之規定、第三十七條第一項無須處理之水不得於排放前，與處理後之廢（污）水混合稀釋之規定、第十二條第一項廢（污）水（前）處理設施應具備足夠之功能及設備，及第十四條第一項維持正常操作等管理規定，提升至法律位階，爰增訂第一項、第二項及第四項規定。 三、第二項所稱本法所定之管制標準，指本法授權訂定之放流水標準、土壤處理標準、污水經處理後注入地下水體水質標準。 四、繞流排放、稀釋行為雖為本法明文禁止之行為，但考量情況急迫，為搶救人員或經主管機關認定之重大處理設施，恐有必要採取繞流排放或稀釋之行為，爰於第三項明定得採繞流排放、稀釋行為之條件。另主管機關應就重大處理設施予以認定，並納入許可登記事項。 五、第四項所定應具備足夠之功能與設備及維持正常操作之認定，包括依水污染防治許可證登記之操作參數範圍執行、依登記之處理單元開機、操作或視操作必要添加藥劑等，定於管理辦法第十四條第二項予以規範。
第二十條 事業或污水下水道系統貯留或稀釋廢水，應申請直轄市或縣（市）主管機關許可後，始得為之，並依登記事項運作。但申請稀釋廢水許可，以無其他可行之替代方法者為限。 前項申請貯留或稀釋廢水許可之適用條件、申請、審查程序、核發、廢止及其他應遵行事項之管理辦法，由中央主管機關定之。 依第一項許可貯留或稀釋廢水者，應依主管機關規定之格式、內容、頻率、方式，向直轄市、縣（市）主管機關申報廢水處理情形。	第二十條 事業或污水下水道系統貯留或稀釋廢水，應申請直轄市或縣（市）主管機關許可後，始得為之。 前項申請貯留或稀釋廢水許可應備之文件及條件，由中央主管機關定之。 依第一項許可貯留廢水者，應依主管機關規定之格式、內容、頻率、方式，向直轄市、縣（市）主管機關申報廢水處理情形。	一、為明確規範申請稀釋、貯留許可之事業應依登記事項運作，並將水污染防治措施計畫及許可申請審查辦法第八條稀釋限制條件，提升至法律位階，爰修正第一項並增列但書規定。 二、明確規範授權中央主管機關訂定申請、審核程序及其他應遵行事項之管理辦法，爰修正第二項規定之文字。
第二十二條 事業或污水下水道系統應依主管機關規定之格式、內容、頻率、方式，向直轄市、縣（市）主管機關申報廢（污）水處理設施之操作、放流水水質水量之檢驗測定、用電紀錄及其他有關廢（污）水處理之文件。 中央主管機關應依各業別之廢（污）水特性，訂定應檢測申報項目，直轄市、縣（市）主管機關得依實際排放情形，增加檢測申報項目。	第二十二條 事業或污水下水道系統應依主管機關規定之格式、內容、頻率、方式，向直轄市、縣（市）主管機關申報廢（污）水處理設施之操作、放流水水質水量之檢驗測定、用電紀錄及其他有關廢（污）水處理之文件。	廢水排放應依各業別放流水特性進行管理，地方主管機關得依個案排放情形，據以規範應申報之項目，爰將管理辦法第八十四條規定提升至法律位階，並增訂中央主管機關應採取之作為，爰增列第二項規定。
第二十七條 事業或污水下水道系統排放廢（污）水，有嚴重危害人體健康、農漁業生產或飲用水水源之虞時，負責人應立即採取緊急應變措施，並於三小時內通知當地主管機關。 前項所稱嚴重危害人體健康、農漁業生產或飲用水之虞之情形，由中央主管機關定之。 第一項之緊急應變措施，其措施內容與執行方法，由中央主管機關定之。 第一項情形，主管機關應命其採取必要防治措施，情節嚴重者，並令其停業或部分或全部停工。	第二十七條 事業或污水下水道系統排放廢（污）水，有嚴重危害人體健康、農漁業生產或飲用水水源之虞時，負責人應立即採取緊急應變措施，並於三小時內通知當地主管機關。 前項所稱嚴重危害人體健康、農漁業生產或飲用水之虞之情形，由中央主管機關定之。 第一項之緊急應變措施，其措施內容與執行方法，由中央主管機關定之。 第一項情形，主管機關除命其採取必要防治措施外，情節嚴重者，並得命其停業或部分或全部停工。	考量事業或污水下水道系統排放廢（污）水若污染程度情節嚴重或經採取應變措施後仍造成污染情節嚴重者，主管機關應令停工或停業，以降低污染影響層面。爰將第四項規定「並得命」文字修正為「並令」。
第二十八條 事業或污水下水道系統設置之輸送或貯存設備，有疏漏污染物或廢（污）水至水體之虞者，應採取維護及防範措施；其有疏漏致污染水體者，應立即採取緊急應變措施，並於事故發生後三小時內，通知當地主管機關。主管機關應命其採取必要之防治措施，情節嚴重者，並令其停業或部分或全部停工。 前項之緊急應變措施，其措施內容與執行方法，由中央主管機關定之。	第二十八條 事業或污水下水道系統設置之輸送或貯存設備，有疏漏污染物或廢（污）水至水體之虞者，應採取維護及防範措施；其有疏漏致污染水體者，應立即採取緊急應變措施，並於事故發生後三小時內，通知當地主管機關。 前項之緊急應變措施，其措施內容與執行方法，由中央主管機關定之。	考量事業或污水下水道系統設置之輸送或貯存設備若因疏漏而導致水體污染，除應於事故發生後三小時內通知主管機關外，主管機關應要求事業或污水下水道系統採取防治措施，若污染情節嚴重，主管機關應令停工或停業，以降低污染影響層面。爰於第一項增列規定。
第三十一條 事業或污水下水道系統，排放廢（污）水於劃定為總量管制之水體，有下列情形之一，應自行設置放流水水質水量自動監測系統，予以監測︰ 一、排放廢（污）水量每日超過一千立方公尺者。 二、經直轄巿、縣（巿）主管機關認定係重大水污染源者。 前項監測結果、監測儀器校正，應作成紀錄，並依規定向直轄巿、縣（巿）主管機關或中央主管機關申報。	第三十一條 事業或污水下水道系統，排放廢（污）水於劃定為總量管制之水體，有下列情形之一，應自行設置放流水水質水量自動監測系統，予以監測︰ 一、排放廢（污）水量每日超過一千立方公尺者。 二、經直轄巿、縣（巿）主管機關認定係重大水污染源者。 前項監測結果，應作成紀錄，並依規定向直轄巿、縣（巿）主管機關或中央主管機關申報。	為強化放流水水質水量自動監測系統監測儀器校正之效力及依據，爰於第二項增列監測儀器校正應作成紀錄之規定。
第三十四條 違反第二十七條第一項、第二十八條第一項未立即採取緊急應變措施、不遵行主管機關依第二十七條第四項、第二十八條第一項所為之命令或不遵行主管機關依本法所為停工或停業之命令者，處三年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣二十萬元以上五百萬元以下罰金。 不遵行主管機關依本法所為停止作為之命令者，處一年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰金。	第三十四條 違反第二十七條第一項未立即採取緊急應變措施或不遵行主管機關依第二十七條第四項所為之命令，因而致人於死者，處無期徒刑或七年以上有期徒刑，得併科新臺幣五百萬元以下罰金；致重傷者，處三年以上十年以下有期徒刑，得併科新臺幣三百萬元以下罰金；致危害人體健康導致疾病者，處五年以下有期徒刑，得併科新臺幣二百萬元以下罰金。	本條採抽象危險犯之立法方式，不以發生實際損害結果為據，符合該當要件即成罪，爰修正現行條文，對於未立即採取緊急應變措施可能對環境造成一定程度之危害者，科以刑責，以示警戒。又現行條文第三十八條亦屬抽象危險犯之立法方式，故將該條移列，併予規範。 鑑於現行第三十八條第一項之刑度及罰金額度均不足以產生遏阻犯罪之效果，爰將第一項規定之罰金上限提高五倍，刑度提高修正為三年以下有期徒刑。 三、 另現行第三十八條第二項亦屬抽象危險犯之立法方式，爰將該條規定移列第二項，並調整文字擴大適用範圍，以茲完備。
第三十五條 依本法規定有申報義務，明知為不實之事項而申報不實或於業務上作成之文書為虛偽記載者，處三年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣二十萬元以上三百萬元以下罰金。	第三十五條 依本法規定有申報義務，明知為不實之事項而申報不實或於業務上作成之文書為虛偽記載者，處三年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣二十萬元以上一百萬元以下罰金。	考量申報不實，係未盡自行管理之責，且不實資料導致主管機關未能掌握實質污染之情形，進而延宕整治進度，影響水體用途，爰將罰金上限提高三倍。
第三十六條 事業注入地下水體、排放於土壤或地面水體之廢（污）水所含之有害健康物質超過本法所定各該管制標準者，處三年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣二十萬元以上五百萬元以下罰金。 犯前項之罪而有下列情形之一者，處五年以下有期徒刑，得併科新臺幣二十萬元以上一千五百萬元以下罰金： 一、無排放許可證或簡易排放許可文件。 二、違反第十八條之一第一項規定。 三、違反第三十二條第一項規定。 第一項有害健康物質之種類，由中央主管機關公告之。 負責人或監督策劃人員犯第三十四條至本條第二項之罪者，加重其刑至二分之一。	第三十六條 事業無排放許可證或簡易排放許可文件，且其排放廢水所含之有害健康物質超過放流水標準者，處負責人三年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣二十萬元以上一百萬元以下罰金。 前項有害健康物質之種類，由中央主管機關公告之。	一、參採歐盟預防主義原則，以其行為危害環境為前提，不問有無許可證或許可文件均一體適用，爰明文於第一項。至於排放之廢（污）水含有害健康物質超過注入地下水體、土壤處理、放流水標準者，科處其刑責。惟現行罰金已不足以遏阻嚴重影響之結果，爰將罰金上限提高五倍。 二、至於現行無許可證或繞流排放之違規行為，則予以加重處分，規定於第二項。 三、現行第二項遞移至第三項規定。 四、對於犯第三十四條至本條第二項，如為負責人或監督策劃人員者，究其罪責應較重，爰增訂第四項，並加重其刑責。
第三十七條 犯第三十四條、前條之罪或排放廢（污）水超過放流水標準，因而致人於死者，處無期徒刑或七年以上有期徒刑，得併科新臺幣三千萬元以下罰金；致重傷者，處三年以上十年以下有期徒刑，得併科新臺幣二千五百萬元以下罰金；致危害人體健康導致疾病或嚴重污染環境者，處一年以上七年以下有期徒刑，得併科新臺幣二千萬元以下罰金。	第三十七條 違反第三十二條第一項未經直轄巿、縣（巿）主管機關許可，將含有害健康物質之廢（污）水注入於地下水體或排放於土壤者，處三年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣二十萬元以上一百萬元以下罰金。	一、本條採具體危險犯之立法方式，即因違法行為而致人於死、重傷、危害人體健康導致疾病或嚴重污染環境之結果加重犯，因其可責程度與非難性甚高，爰提高其刑度，並將罰金上限提高六至十倍。 二、現行條文內容整併至第三十六條。
第三十八條 （刪除）	第三十八條 事業不遵行主管機關依本法所為停工或停業之命令者，處負責人一年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣二十萬元以上一百萬元以下罰金。 不遵行主管機關依第五十二條所為停止作為之命令者，處一年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰金。	一、本條刪除。 二、本條第一項、第二項規定業已分別整併規定於第三十四條第一項、第二項，現行條文爰予刪除。
第三十九條 法人之負責人、法人或自然人之代理人、受僱人或其他從業人員，因執行業務犯第三十四條至第三十七條之罪者，除依各該條規定處罰其行為人外，對該法人或自然人亦科以各該條十倍以下之罰金。 犯本法之罪者，因犯罪所得財物或財產上利益，除應發還被害人或支付第七十一條主管機關代為清理、改善及衍生之必要費用外，不問屬於犯罪行為人與否，沒收之；如全部或一部不能沒收時，應追徵其價額或以其財產抵償之。但善意第三人以相當對價取得者，不在此限。 為保全前項財物或財產上利益之沒收，其價額之追徵或財產之抵償，必要時，得酌量扣押其財產。	第三十九條 法人之負責人、法人或自然人之代理人、受僱人或其他從業人員，因執行業務犯第三十四條、第三十五條、第三十六條第一項、第三十七條或第三十八條第二項之罪者，除依各該條規定處罰其行為人外，對該法人或自然人亦科以各該條之罰金。	一、第三十四條至第三十七條罰則大幅修正，爰就法人或自然人因其負責人等有前開犯罪行為，而併受罰金處罰之規定，亦配合一併修正。另參考食品安全衛生管理法規定，增訂科處法人或自然人罰金十倍以下之規定。 二、為使犯本法之罪之人，因犯罪取得或消極未支出之財物或財產上利益，確實被沒收，並防止將不法所得脫產而移轉與非善意之第三人，影響追討，爰參考洗錢防制法第十四條、食品安全衛生管理法第四十九條之一之規定，於本條第二項規定其因犯罪所得財物或財產上利益，除應發還被害人或支付第七十一條主管機關代為清理、改善及衍生之必要費用外，不問屬於犯罪行為人或犯罪行為人以外之第三人，均沒收之。 三、事業或污水下水道系統造成污染事件，因其怠於履行，致主管機關依第七十一條代為清理、改善，相關費用本應由其所有財產清償，為避免其財產因沒收後不足清償，爰增訂以不法利得支付第七十一條之必要費用之規定，惟主管機關仍得對犯罪行為人不法利得以外之所有財產加以求償。 四、本條第一項既已規定可科處法人罰金刑，即表示承認法人之犯罪能力，自應認係本條第二項所稱之「犯罪行為人」，從而第二項之「犯罪行為人」兼指自然人與法人。 五、本條第二項僅規定犯罪行為人本身取得不法利得之沒收，至於犯罪行為人以外之自然人、法人或非法人團體（以下稱第三人）因而獲得不法利益，卻漏未規定，使該第三人坐享犯罪所得，致被害人求償無門，實有不公。況國際公約及外國立法例均有剝奪第三人不法利得之規定，本法為填補漏洞，乃增訂第三人不法利得沒收之規定，爰於第二項參酌洗錢防制法第十四條第一項規定，對取得犯本法之罪之不法利得者，係「不問屬於犯罪行為人與否」均沒收之，以期周延，並符公平正義。而所謂「不問屬於犯罪行為人與否」係指該不法利得無論屬於犯罪行為人、或犯罪行為人以外之自然人、法人或非法人團體，均應沒收之。 六、第三人取得他人犯本法之罪之不法利得，固應沒收，然第三人若出於善意且有支付相當對價，本為一般交易之型態，並非不當利得，而不具有非難性，為兼顧正常交易之信賴關係及他人財產權之保護，爰於第二項但書增訂不得沒收之例外規定。 七、為避免違規者以脫產方式規避沒收之處分，爰於第三項訂定酌量扣押其財產之規定。
第三十九條之一 事業或污水下水道系統不得因廢（污）水處理專責人員或其他受僱人，向主管機關或司法機關揭露違反本法之行為、擔任訴訟程序之證人或拒絕參與違反本法之行為，而予解僱、降調、減薪或其他不利之處分。 事業或污水下水道系統或其行使管理權之人，為前項規定所為之解僱、降調、減薪或其他不利之處分者，無效。 事業或污水下水道系統之廢（污）水處理專責人員或其他受僱人，因第一項規定之行為受有不利處分者，事業或污水下水道系統對於該不利處分與第一項規定行為無關之事實，負舉證責任。 廢（污）水處理專責人員或其他受僱人曾參與依本法應負刑事責任之行為，而向主管機關揭露或司法機關自白或自首，因而查獲其他正犯或共犯者，減輕或免除其刑。	一、本條新增。 二、有鑑於廢（污）水排放污染需要多人合意共謀，爰參考食品安全衛生管理法第五十條、國外對於吹哨者（whistle blower）及污點證人保護之立法例，增訂本條以鼓勵內部員工檢舉不法。 三、第一項所稱訴訟程序，包含檢察官偵查程序及法院審理程序。 四、第二項明定事業或污水下水道系統，對員工故意為解僱、降調、減薪或其他不利之處分無效，以保障員工。 五、第三項規定事業或污水下水道系統之廢（污）水處理專責人員或其他受僱人，受有本條第一項規定不利處分者，應循現行規定，依其原有身分尋求法律救濟，爰採行舉證責任轉換之機制，規定雇主應證明對吹哨者所採取不利處分與吹哨者揭弊行為無關，以保障其權益。 六、第四項規定廢（污）水處理專責人員或其他受僱人如發現違反本法之行為涉及刑責規定者，得敘明事實或檢具證據資料，向主管機關揭露或司法機關自白或自首，因而破獲者，其曾參與依本法應負刑事責任之行為，即得減輕或免除其刑。
第四十條 事業或污水下水道系統排放廢（污）水，違反第七條第一項或第八條規定者，處新臺幣六萬元以上二千萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按次處罰；情節重大者，得令其停工或停業；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。 畜牧業違反第七條第一項或第八條之規定者，處新臺幣六千元以上六十萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按次處罰；情節重大者，得令其停工或停業；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。	第四十條 事業或污水下水道系統排放廢（污）水，違反第七條第一項或第八條規定者，處新臺幣六萬元以上六十萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按日連續處罰；情節重大者，得命其停工或停業；必要時，並得廢止其排放許可證、簡易排放許可文件或勒令歇業。 畜牧業違反第七條第一項或第八條之規定者，處新臺幣六千元以上十二萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按日連續處罰；情節重大者，得命其停工或停業；必要時，並得廢止其排放許可證、簡易排放許可文件或勒令歇業。	一、放流水超標之原因，包括操作疏失、未正常操作或處理設施功能不足等不同情形，其犯意與應受責難之程度有所不同，罰鍰亦應有程度上之差別。為有效遏止業者排放廢水超標之污染行為，爰提高罰鍰上限。 二、司法實務見解，義務人不遵行主管機關令其改善之行政法上義務，予以裁罰，其性質應屬行政秩序罰而非執行罰；又主管機關對其有無違反行政法上義務，應逐次依職權調查事實及證據，以作為裁罰之基礎，而非按日予以處罰。爰將「按日連續處罰」之規定，修正為「按次處罰」。 三、考量現行廢止許可證（文件）之規定僅侷限於排放許可證、簡易排放許可文件，惟依本法核發之許可證種類，尚包含水污染防治措施計畫、廢（污）水貯留許可文件、廢（污）水稀釋許可文件及廢（污）水排放土讓處理許可證等，爰將廢止其「排放許可證、簡易排放許可文件」修正為各類許可證統稱之「水污染防治許可證(文件)」。
第四十一條 建築物污水處理設施違反第七條第一項或第八條規定者，處新臺幣三千元以上三十萬元以下罰鍰。	第四十一條 建築物污水處理設施違反第七條第一項或第八條規定者，處新臺幣三千元以上三萬元以下罰鍰。	放流水超標或任意棄置污泥之結果對環境造成不同程度之危害，現行罰鍰上限額度不足以遏止具嚴重影響之違規行為，爰將罰鍰上限提高為現行十倍。
第四十三條 事業或污水下水道系統違反依第九條第二項所定之總量管制方式者，處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按次處罰；情節重大者，得令其停工或停業，必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。	第四十三條 事業或污水下水道系統違反依第九條第二項所定之總量管制方式者，處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按日連續處罰；情節重大者，得命其停工或停業，必要時，並得廢止其排放許可證、簡易排放許可文件或勒令歇業。	一、違反總量管制規定所排放之廢污水，對環境造成不同程度之危害，現行罰鍰上限額度不足以遏止具嚴重影響之違規行為，爰將罰鍰上限提高為現行十倍。 二、按日連續處罰及末段文字修正原因，同修正條文第四十條說明二及三。
第四十四條 違反第十一條第四項所定辦法，未於期限內繳納費用者，應依繳納期限當日郵政儲金一年期定期存款固定利率按日加計利息一併繳納；逾期九十日仍未繳納者，事業或污水下水道系統另處新臺幣六千元以上三十萬元以下罰鍰，家戶處新臺幣一千五百元以上三萬元以下罰鍰。	第四十四條 違反第十一條第四項所定辦法，未於期限內繳納費用者，應依繳納期限當日郵政儲金一年期定期存款固定利率按日加計利息一併繳納；逾期九十日仍未繳納者，除移送強制執行外，事業或污水下水道系統處新臺幣六千元以上三十萬元以下罰鍰，家戶處新臺幣一千五百元以上三萬元以下罰鍰。	現行行政執行法已有行政執行之相關規定，爰刪除移送強制執行之相關文字，並酌作文字修正。
第四十五條 違反第十四條第一項未取得排放許可證或簡易排放許可文件而排放廢（污）水者，處新臺幣六萬元以上六百萬元以下罰鍰，主管機關並應令事業全部停工或停業；必要時，應勒令歇業。 違反第十四條第一項未依排放許可證或簡易排放許可文件之登記事項運作者，處新臺幣六萬元以上六百萬元以下罰鍰，並通知限期補正，屆期仍未補正者，按次處罰；情節重大者，得令其停工或停業；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。 違反第十四條第二項，處新臺幣一萬元以上六十萬元以下罰鍰，並通知限期補正，屆期仍未補正者，按次處罰。	第四十五條 違反第十四條第一項，處新臺幣六萬元以上六十萬元以下罰鍰，並通知限期補正，屆期仍未補正者，按次處罰。 違反第十四條第二項，處新臺幣一萬元以上六十萬元以下罰鍰，並通知限期補正，屆期仍未補正者，按次處罰。	一、考量未取得許可、已取得許可而未依核准事項運作或未辦理變更之違規行為，其違規及影響程度不同，罰則亦應有不同之裁處規定。 二、對於未取得排放許可證或簡易排放許可文件者，依據第十四條規定不得排放廢（污）水。若有排放情形，違規之行為對環境已造成不同程度之危害，主管機關應令其停工，以遏止持續污染水體之行為。爰刪除現行第一項主管機關通知限期補正及按次處罰之規定，並增訂主管機關應令停工等作為。另考量未取得許可證排放廢水，對環境造成不同程度之危害，現行罰鍰上限額度不足以遏止具嚴重影響之違規行為，爰修正提高罰鍰上限為現行十倍。 三、第二項增訂未依排放許可證或簡易排放許可文件登記事項運作之罰則。 四、現行第二項遞移為第三項。另配合第十四條第二項之修正，明定未依規定期限辦理變更之處分方式。
第四十六條 違反依第十三條第四項或第十八條所定辦法規定者，處新臺幣一萬元以上六百萬元以下罰鍰，並通知限期補正或改善，屆期仍未補正或完成改善者，按次處罰；情節重大者，得令其停工或停業；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。	第四十六條 違反依第十三條第四項或第十八條所定辦法、第二十八條第一項規定者，處新臺幣一萬元以上六十萬元以下罰鍰，並通知限期補正或改善，屆期仍未補正或完成改善者，按日連續處罰；情節重大者，得命其停工或停業；必要時，並得廢止其排放許可證、簡易排放許可文件或勒令歇業。	一、配合修正條文第二十八條第一項增訂情節嚴重者令停工之規定，爰刪除本條違反第二十八條第一項之依據，避免重複。 二、考量未採行水污染防治措施相關規定之違規行為，對環境造成不同程度之危害，現行罰鍰上限額度不足以遏止具嚴重影響之違規行為，爰修正提高罰鍰上限為現行十倍。 三、後段修正說明同修正條文第四十條說明二及三。
第四十六條之一 排放廢（污）水違反第十八條之一第一項、第二項或第四項規定者，處新臺幣六萬元以上二千萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按次處罰；情節重大者，得令其停工或停業；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。	一、本條新增。 二、增訂違反第十八條之一所定任意繞流排放、非法稀釋、未具備足夠之功能及設備，以及未維持廢（污）水（前）處理設施正常操作之罰則。 三、另考量違反第十八條之一原因各有不同，其犯意與應受責難之程度亦有所不同，爰訂定新臺幣六萬元以上二千萬元以下為罰鍰上、下限。
第四十七條 污水下水道系統違反第十九條規定者，處新臺幣六萬元以上六百萬元以下罰鍰，並通知限期補正或改善，屆期仍未補正或完成改善者，按次處罰。	第四十七條 污水下水道系統違反第十九條規定者，處新臺幣六萬元以上六十萬元以下罰鍰，並通知限期補正或改善，屆期仍未補正或完成改善者，按次處罰，	考量污水下水道系統未依法取得排放許可證或未採行水污染防治措施相關規定之違規行為，對環境造成不同程度之危害，現行罰鍰上限額度不足以遏止具嚴重影響之違規行為，爰修正提高罰鍰上限為現行十倍。
第四十八條 事業或污水下水道系統違反第二十條第一項未取得貯留或稀釋許可文件而貯留或稀釋廢（污）水者，處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰，主管機關並應令事業全部停工或停業；必要時，應勒令歇業。 事業或污水下水道系統違反第二十條第一項未依貯留或稀釋許可文件之登記事項運作者，處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰，並通知限期補正，屆期仍未補正者，按次處罰；情節重大者，得令其停工或停業；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。 事業或污水下水道系統違反第二十一條第一項或依第二十一條第二項所定辦法者，處新臺幣一萬元以上十萬元以下罰鍰，並通知限期補正或改善，屆期仍未補正或完成改善者，按次處罰。 廢（污）水處理專責人員違反依第二十一條第二項所定辦法者，處新臺幣一萬元以上十萬元以下罰鍰；必要時，得廢止其廢水處理專責人員合格證書。	第四十八條 違反第二十條第一項，處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並通知限期補正或完成改善，屆期仍未補正或完成改善者，按日連續處罰。 違反第二十一條第一項或依第二十一條第二項所定辦法者，處新臺幣一萬元以上十萬元以下罰鍰，並通知限期補正或改善，屆期仍未補正或完成改善者，按日連續處罰。 廢（污）水處理專責人員違反依第二十一條第二項所定辦法者，必要時，得廢止其廢水處理專責人員合格證書。	一、為區分事業或污水下水道系統及專責人員違反第二十條、第二十一條規定所適用之處分方式，爰於各項規定增訂適用對象。 二、考量未取得許可或已取得許可而未依核准事項運作之違規行為，其違規及影響程度不同，裁處方式亦應有不同。對於未取得貯留或稀釋許可文件而貯留或稀釋廢（污）水者，依據第二十條規定不得貯留或稀釋廢（污）水。若有貯留或稀釋情形，違規之行為對環境已造成不同程度之危害，主管機關應令其停工，以遏止持續污染水體之行為。爰刪除現行第一項主管機關通知限期補正及按日連罰之規定，並增訂主管機關應令停工等作為。另違規之行為對環境造成不同程度之危害，現行罰鍰上限額度不足以遏止具嚴重影響之違規行為，爰修正提高罰鍰上限為現行十倍。 三、第二項增訂未依貯留或稀釋許可文件登記事項運作之罰則。 四、對於事業或污水下水道系統違反第二十一條規定，經主管機關限期改善而屆期未完成改善之處分方式，修正為按次處罰，原因同修正條文第四十條說明二。 五、對於廢（污）水處理專責人員違反依第二十一條第二項所定辦法者，未善盡應盡之義務，應予以科處罰鍰，爰於第四項增訂處罰鍰之規定。
第四十九條 違反第二十三條第一項或依第二十三條第二項所定管理辦法者，處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰，並通知限期補正或改善，屆期仍未補正或完成改善者，按次處罰；情節重大者，得令其停業，必要時，並得廢止其許可證或勒令歇業。	第四十九條 違反第二十三條第一項或依第二十三條第二項所定管理辦法者，處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並通知限期補正或改善，屆期仍未補正或完成改善者，按日連續處罰；情節重大者，得命其停業，必要時，並得廢止其設置許可證或勒令歇業。	一、考量違規行為對環境造成不同程度之危害，現行罰鍰上限額度不足以遏止具嚴重影響之違規行為，爰修正提高罰鍰上限為現行十倍。 二、考量水質水量檢測之環境檢驗測定機構，其許可方式係依水污染管制項目分項許可，故其廢止許可證之方式應為廢止違規項目之許可證，爰將裁處廢止「設置」許可證之規定，修正為廢止其許可證。 三、屆期未完成改善之處分方式，同修正條文第四十條說明二。
第五十條 規避、妨礙或拒絕第二十六條第一項之查證者，處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰，並得按次處罰及強制執行查證工作。	第五十條 規避、妨礙或拒絕第二十六條第一項之查證者，處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並得按次處罰及強制執行查證工作。	規避、妨礙或拒絕主管機關查證之行為，將致主管機關無法落實水污染之監督機制。爰修正本條規定，提高其罰鍰上限，以收遏止之效。
第五十一條 違反第二十七條第一項、第四項規定者，處新臺幣六萬元以上六百萬元以下罰鍰；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。 違反第二十八條第一項規定者，處新臺幣一萬元以上六百萬元以下罰鍰，並通知限期補正或改善，屆期仍未補正或完成改善者，按次處罰；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。	第五十一條 違反第二十七條第一項、第四項規定者，處新臺幣六萬元以上六十萬元以下罰鍰；必要時，並得廢止其排放許可證、簡易排放許可文件或勒令歇業。。	一、第一項修正說明同修正條文第四十條說明三。 二、配合第四十六條之修正，將違反第二十八條第一項規定之行政處分移列至本條第二項規範。 三、另考量違規行為對環境造成不同程度之危害，現行罰鍰上限額度不足以遏止具嚴重影響之違規行為，爰修正提高罰鍰上限為現行十倍。
第五十二條 違反第三十條第一項各款情形之一或第三十一條第一項規定者，處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按次處罰；情節重大者，得令其停止作為或停工、停業；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。	第五十二條 違反第三十條第一項各款情形之一或第三十一條第一項規定者，處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按日連續處罰；情節重大者，得命其停止作為或停工、停業，必要時，並得廢止其排放許可證、簡易排放許可文件或勒令歇業。	一、考量違規行為對環境造成不同程度之危害，現行罰鍰上限額度不足以遏止具嚴重影響之違規行為，爰修正提高罰鍰上限為現行十倍。 二、屆期未完成改善之處分方式及文字酌修原因，同修正條文第四十條說明二及三。
第五十三條 違反第三十二條第一項未取得注入地下水體或排放土壤處理許可證而注入或排放廢（污）水者，處新臺幣六萬元以上六百萬元以下罰鍰，主管機關並應令事業全部停工或停業；必要時，應勒令歇業。 違反第三十二條第一項未依注入地下水體或排放土壤處理許可證之登記事項運作者，處新臺幣六萬元以上六百萬元以下罰鍰，並通知限期補正，屆期仍未補正者，按次處罰；情節重大者，得令其停工或停業；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。	第五十三條 違反第三十二條第一項規定者，處新臺幣六萬元以上六十萬元以下罰鍰，並通知限期補正或改善，屆期仍未補正或完成改善者，按日連續處罰；情節重大者，得命其停工或停業，必要時，並得廢止其注入或排放許可證、簡易排放許可文件或勒令歇業。	一、考量未取得許可或已取得許可而未依核准事項運作之違規行為，其違規及影響程度不同，裁處方式亦應有不同。對於未取得注入地下水體或排放土壤處理許可證而注入或排放廢（污）水者，依據第三十二條規定不得排放或注入廢（污）水。若有排放或注入情形，違規之行為對環境已造成不同程度之危害，主管機關應令其停工，以遏止持續污染水體之行為。爰刪除現行第一項主管機關通知限期補正及按日連續處罰之規定，並增訂主管機關應令停工等作為。另違規之行為對環境造成不同程度之危害，現行罰鍰上限額度不足以遏止具嚴重影響之違規行為，爰修正提高罰鍰上限為現行十倍。 二、第二項增訂未依注入地下水體或排放土壤處理許可文件登記事項運作之罰則。
第五十四條 違反第三十三條第一項、第二項規定者，處新臺幣六萬元以上六百萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按次處罰；情節重大者，得令其停止貯存或停工、停業，必要時，並得勒令歇業。	第五十四條 違反第三十三條第一項規定者，處新臺幣六萬元以上六十萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按日連續處罰；情節重大者，得命其停止貯存或停工、停業，必要時，並得勒令歇業。	一、對於地下水監測設施未依主管機關規定格式、內容、頻率、方式，監測、紀錄及申報，應受責難，爰增訂違反第二項之規定。 二、違規行為對環境造成不同程度之危害，現行罰鍰上限額度不足以遏止具嚴重影響之違規行為，爰修正提高罰鍰上限為現行十倍。 三、屆期未完成改善之處分方式，同修正條文第四十條說明二。
第五十五條 違反本法規定，經認定情節重大者，主管機關得依本法規定逕命停止作為、停止貯存、停工或停業；必要時，並勒令歇業。	第五十五條 違反本法規定，經認定情節重大者，主管機關得依本法規定逕命停止作為、停止貯存、停工或停業；必要時，並得勒令歇業。	對於違反本法規定經認定屬情節重大者，為強化主管機關之作為，爰將必要時，並得勒令歇業之規定，刪除「得」字。
第五十六條 依第二十條第三項、第二十二條、第三十一條第二項、第三十二條第四項或第三十三條第二項有申報義務，不為申報者，處新臺幣六千元以上三百萬元以下罰鍰，並通知限期申報，屆期未申報或申報不完全者，按次處罰。	第五十六條 依第二十條第三項、第二十二條、第三十一條第二項、第三十二條第四項或第三十三條第二項有申報義務，不為申報者，處新臺幣六千元以上三十萬元以下罰鍰，並通知限期申報，屆期未申報或申報不完全者，按日連續處罰。	一、違規行為對環境造成不同程度之危害，現行罰鍰上限額度不足以遏止具嚴重影響之違規行為，爰修正提高罰鍰上限為現行十倍。 二、屆期未申報或申報不完全之處分方式修正原因，同修正條文第四十條說明二。
第五十七條 本法所定屆期仍未補正或完成改善之按次處罰，其限期改善或補正之期限、改善完成認定查驗方式、法令執行方式及其他應遵行事項之準則，由中央主管機關定之。	第五十七條 本法所定按日連續處罰，其起算日、暫停日、停止日、改善完成認定查驗方式、法令執行方式及其他應遵行之事項，由中央主管機關定之。	配合按日連續處罰之規定，修正為按次處罰，爰將相關準則之授權範圍，增訂按次處罰應遵行事項之授權。
第六十三條 事業經停業、部分或全部停工者，應於復工（業）前，檢具水污染防治措施及污泥處理改善計畫申請試車，經審查通過，始得依計畫試車。其經主管機關命限期改善而自報停工（業）者，亦同。 前項試車之期限不得超過三個月，且應於試車期限屆滿前，申請復工（業）。主管機關於審查試車、復工（業）申請案期間，事業經主管機關同意，在其申報可處理至符合管制標準之廢（污）水產生量下，得繼續操作。 前項復工（業）之申請，主管機關應於一個月期間內，經十五日以上之查驗及評鑑，始得按其查驗及評鑑結果均符合管制標準時之廢（污）水產生量，作為核准其復工（業）之製程操作條件。事業並應據以辦理排放許可登記事項之變更登記。 經查驗及評鑑不合格，未經核准復工（業）者，應停止操作，並進行改善，且一個月內不得再申請試車。 事業於申請試車或復工（業）期間，如有違反本法規定者，主管機關應依本法規定按次處罰或命停止操作。	第六十三條 事業經停業、部分或全部停工者，應於復工（業）前，檢具水污染防治措施及污泥處理改善計畫申請試車，經審查通過，始得依計畫試車。其經主管機關命限期改善而自報停工（業）者，亦同。 前項試車之期限不得超過三個月，且應於試車期限屆滿前，申請復工（業）。主管機關於審查試車、復工（業）申請案期間，事業在其申報可處理至符合管制標準之廢（污）水產生量下，得繼續操作。 前項復工（業）之申請，主管機關應於一個月期間內，經十五日以上之查驗及評鑑，始得按其查驗及評鑑結果均符合管制標準時之廢（污）水產生量，作為核准其復工（業）之製程操作條件。事業並應據以辦理排放許可登記事項之變更登記。 經查驗及評鑑不合格，未經核准復工（業）者，應停止操作，並進行改善，且一個月內不得再申請試車。 事業於申請試車或復工（業）期間，如有違反本法規定者，主管機關應依本法規定按次處罰或命停止操作。	在主管機關於審查試車、復工（業）申請案期間，考量生物處理之必要性，爰於第二項授權主管機關在事業申報可處理至符合管制標準之廢（污）水產生量前提下，得同意事業繼續操作。
第六十三條之一 事業應將依前條第一項所提出之水污染防治措施及污泥處理改善計畫，登載於中央主管機關所指定之公開網頁供民眾查詢。 主管機關為前條第一項審查時，應給予利害關係人及公益團體於主管機關完成審查前表示意見，作為主管機關審查時之參考；於會議後應作成會議紀錄並公開登載於前項中央主管機關指定之網頁。	一、本條新增。 二、針對情節重大令停工之事業，於復工審查時，應主動公開其所提出之水污染防治措施及污泥處理改善計畫，以利民眾共同監督，爰增訂第一項規定。 三、主管機關審查事業所提水污染防治措施及污泥處理改善計畫時，應納入公民審查機制及作成會議紀錄並公開，爰增訂第二項規定。
第六十五條 （刪除）	第六十五條 依本法所處之罰鍰，經限期繳納，屆期仍不繳納者，移送強制執行。	一、本條刪除。 二、現行行政執行法已有行政執行之相關規定，爰刪除之。
第六十六條之二 違反本法義務行為而有所得利益者，除應依本法規定裁處一定金額之罰鍰外，並得於所得利益之範圍內，予以追繳。 為他人利益而實施行為，致使他人違反本法上義務應受處罰者，該行為人因其行為受有財產上利益而未受處罰時，得於其所受財產上利益價值範圍內，予以追繳。 行為人違反本法上義務應受處罰，他人因該行為受有財產上利益而未受處罰時，得於其所受財產上利益價值範圍內，予以追繳。 前三項追繳，由為裁處之主管機關以行政處分為之；所稱利益得包括積極利益及應支出而未支出或減少支出之消極利益，其核算及推估辦法，由中央主管機關定之。	一、本條新增。 二、違反本法義務而獲有利益者，其罰鍰額度依行政罰法第十八條第二項規定，僅得於所得利益範圍內加重裁處，不受法定罰鍰最高額之限制，主管機關為剝奪不應得之利益，反而造成減輕或免除其所應受制裁，有顯失公平之情形，爰參考行政罰法第二十條第一項及第二項規定，增訂第一項規定。 三、任何人皆不應因違反行政法義務而受有財產上利益，依其類型包括：（一）行為人違反本法義務行為而有所得利益者；（二）為他人利益而實施行為，致使他人違反本法上義務而有所得利益者；（三）行為人違反本法上義務應受處罰，他人因該行為受有財產上利益者等三類，如未剝奪其所得利益，顯有形成制裁漏洞之虞，為避免其違法取得不當利益，俾求得公平正義，爰參考行政罰法第二十條第一項及第二項規定，增訂第一項至第三項規定。 四、本條所定不當利益之追繳，賦予主管機關裁量權，依個案情形裁處之，其係基於實現公平正義等理念而設，性質上並非制裁，故與責任能力、責任條件等無關，爰參考行政罰法第二十條第三項，於第四項增訂本條所定追繳，行政機關應以行政處分為之，以茲明確，並杜爭議。且考量利益之核算及推估，涉及人民權利之限制，由本法就其構成要件，授權中央主管機關以法規命令補充之。
第六十六條之三 各級主管機關依第十一條第六項設置之特種基金，其來源除該條第一項水污染防治費徵收之費用外，應包括各級主管機關依前條追繳之所得利益及依本法裁處之部分罰鍰。 前項基金來源屬追繳之所得利益及依本法裁處之罰鍰者，應優先支用於該違反本法義務者所污染水體之整治。	一、本條新增。 二、考量各級主管機關追繳之所得利益及裁處之罰鍰，應直接支用於因違規行為所造成受害環境之整治，確實達到本法確保水資源之清潔，維護生態體系等之立法目的，並符合環境正義，爰將追繳所得利益及裁處罰鍰，納入基金專款專用。 三、同時為兼顧各級政府財政預算之彈性運用，爰參考土壤及地下水污染整治法第二十九條第七款規定，明定納入基金專款專用為追繳所得利益之全部及部分裁處罰鍰。
六十六條之四 民眾得敘明事實或檢具證據資料，向直轄市、縣（市）主管機關檢舉違反本法之行為。 直轄市、縣（市）主管機關對於檢舉人之身分應予保密；前項檢舉經查證屬實並處以罰鍰者，其罰鍰金額達一定數額時，得以實收罰鍰總金額收入之一定比例，提充獎金獎勵檢舉人。 前項檢舉及獎勵之檢舉人資格、獎金提充比例、分配方式及其他相關事項之辦法，由直轄市、縣（市）主管機關定之。	一、本條新增。 二、參考廢棄物清理法第六十七條及一百零二年八月五日行政院函送立法院審議之資源循環利用法草案第一百十二條規定，增訂罰鍰提撥檢舉獎金制度，於第一項及第二項規定，民眾得檢舉違反本法之行為，其經查證屬實且罰鍰達一定金額者，得提充檢舉獎金予檢舉人。 三、另為明確檢舉獎金發給之作業，授權訂定發給之相關辦法，爰訂定第三項規定。 四、為使直轄市、(縣)市政府主管機關提充獎勵金比例有一定的遵循規範，宜由中央主管機關訂定指導原則。
第六十九條 事業、污水下水道系統應將主管機關核准之水污染防治許可證（文件）、依本法申報之資料，與環境工程技師、廢水處理專責人員及環境檢驗測定機構之證號資料，公開於中央主管機關指定之網站。 各級主管機關基於水污染防治研究需要，得提供與研究有關之事業、污水下水道系統或建築物污水處理設施之個別或統計性資料予學術研究機關（構）、環境保護事業單位、技術顧問機構、財團法人；其提供原則，由中央主管機關公告之。 各級主管機關得於中央主管機關指定之網站，公開對事業、污水下水道系統、建築物污水處理設施、環境工程技師、廢水處理專責人員、環境檢驗測定機構查核、處分之個別及統計資訊。	第六十九條 事業、污水下水道系統或建築物污水處理設施依本法申報之個別資料，及環境工程技師、廢水處理專責人員、環境檢驗測定機構之個別資料，各級主管機關不得公開。 各級主管機關基於水污染防治研究需要，得提供與研究有關之事業、污水下水道系統或建築物污水處理設施之個別或統計性資料予學術研究機關（構）、環境保護事業單位、技術顧問機構、財團法人；其提供原則，由中央主管機關公告之。 各級主管機關必要時，得公開對事業、污水下水道系統、建築物污水處理設施、環境工程技師、廢水處理專責人員、環境檢驗測定機構查核、處分之個別及統計資訊。	一、事業、污水下水道系統所排放之廢（污）水，可能致人體生命、身體、環境造成重大影響，故事業、污水下水道系統依本法申請核准之水污染防治許可證（文件）、申報之個別資料，及相關簽證技師、專責人員之證號應於特定網站公開，供民眾查詢上網查閱知悉，以達協助主管機關執法之效果。爰修正第一項規定。 二、各級主管機關就事業、污水下水道系統、建築物污水處理設施、環境工程技師、廢水處理專責人員、環境檢驗測定機構之查核、處分之個別及統計資訊，得公開供民眾上網查閱。爰修正第三項規定。 三、第三項查核資個別資料，屬本法所定之情節重大及經限期通知改善或補正，屆期仍未改善或補正者，應為公開項目。屬本法所定之情節重大，應公開違規事由、處分情形及理由；經限期通知改善或補正，屆期仍未改善或補正者，應公開違規日期與事實、限期改善日期、查核日期及處分金額。
第七十一條 地面水體發生污染事件，主管機關應令污染行為人限期清除處理，屆期不為清除處理時，主管機關得代為清除處理，並向其求償清理、改善及衍生之必要費用。 前項必要費用之求償權，優於一切債權及抵押權。	第七十一條 地面水體發生污染事件，主管機關得命污染行為人限期清除處理，屆期不為清除處理時，主管機關得代為清除處理，並向其求償清理、改善及衍生之必要費用。屆期未清償者，移送強制執行。 為保全前項必要費用之強制執行，於徵收有不能或重大困難之虞時，主管機關得命對債務人之財產為假扣押，並移送行政執行機關執行。假扣押之命令於送達債務人前，亦得執行。 第一項必要費用之求償權，優於一切債權及抵押權。	一、現行行政執行法已有行政執行之相關規定，爰刪除移送強制執行相關文字。 二、除本條代清除處理求償費用外，因應本次修法提高罰鍰額度，並明文追繳所得利益之規定，鉅額罰鍰或所得利益之追繳，可能引發業者脫產規避，爲保全相關債權，爰刪除現行第二項規定，並新增第七十一條之一，增訂主管機關免提供擔保聲請假扣押、假處分之規定。 三、現行第三項項次遞移為第二項，並酌作文字修正。
第七十一條之一 為保全前條主管機關代為清理之債權、違反本法規定所裁處之罰鍰及第六十六條之二追繳所得利益之履行，主管機關得免提供擔保向行政法院聲請假扣押、假處分。	一、本條新增。 二、參考廢棄物清理法第七十一條及一百零二年八月五日行政院函送立法院審議之資源循環利用法草案第一百零六條規定，為確保主管機關代為清除處理費用之求償、裁處罰鍰及追繳所得利益之履行，爰增訂主管機關得免提供擔保針對未清償者向行政法院聲請假扣押、假處分之規定。
第七十三條 本法第四十條、第四十三條、第四十六條、第四十六條之一、第四十九條、第五十二條、第五十三條及第五十四條所稱之情節重大，係指下列情形之一者： 一、未經合法登記或許可之污染源，違反本法之規定。 二、經處分後，自報停工改善，經查證非屬實。 三、一年內經二次限期改善，仍繼續違反本法規定。 四、工業區內事業單位，將廢（污）水納入工業區污水下水道系統處理，而違反下水道相關法令規定，經下水道機構依下水道法規定以情節重大通知停止使用，仍繼續排放廢（污）水。 五、大量排放污染物，經主管機關認定嚴重影響附近水體品質。 六、排放之廢（污）水中含有有害健康物質，經主管機關認定有危害公眾健康之虞。 七、其他經主管機關認定嚴重影響附近地區水體品質之行為。 主管機關應公開依前項規定認定情節重大之事業，由提供優惠待遇之目的事業主管機關或各該法律之主管機關停止並追回其違規行為所屬年度之優惠待遇，並於其後三年內不得享受政府之優惠待遇。 前項所稱優惠待遇，包含中央或地方政府依法律或行政行為所給予該事業獎勵、補助、捐助或減免之租稅、租金、費用或其他一切優惠措施。	第七十三條 本法第四十條、第四十三條、第四十六條、第四十九條、第五十二條、第五十三條及第五十四條所稱之情節重大，係指下列情形之一者： 一、未經合法登記或許可之污染源，違反本法之規定。 二、經處分按日連續處罰逾三十日者。 三、經處分後，自報停工改善，經查證非屬實。 四、一年內經二次限期改善，仍繼續違反本法規定。 五、工業區內事業單位，將廢（污）水納入工業區污水下水道系統處理，而違反下水道相關法令規定，經下水道機構依下水道法規定以情節重大通知停止使用，仍繼續排放廢（污）水。 六、大量排放污染物，經主管機關認定嚴重影響附近水體品質。 七、排放之廢（污）水中含有有害健康物質，經主管機關認定有危害公眾健康之虞。 八、其他經主管機關認定嚴重影響附近地區水體品質之行為。	一、因應新增第四十六條之一定有情節重大之規定，爰修正第一項規定，增列第四十六條之一情節重大之適用情形。 二、因應本次修正將按日連續處罰修正為按次處罰，爰刪除現行第二款。 三、現行第三款至第八款款次遞移為第二款至第七款。 四、稅捐稽徵法、產業創新條例對於違反本法規定且屬情節重大之業者，已定有不得享有政府優惠待遇之規定，爰配合前述法令增訂第二項、第三項規定。