本基金有關水污染防治資金來源如下： 一 水污染防治費收入。 二 中央機關根據法規撥交之款項收入。 三 專案申請補助之款項收入。 四 依預算程序撥充之款項收入。

前條之資金用途如下： 一 飲用水水源水質保護區及水污染總量管制區水質改善。 二 公共污水下水道系統公共污水管線、污水處理廠及廢（污）水截流設施 之建設。 三 水肥投入站及水肥處理廠之建設。 四 污水處理設施、污泥處理廠之建設。 五 水污染防治技術之研究發展、引進及策略之研發。 六 執行收費所需人員及相關工作支出。 七 其他有關水污染防治工作。